Historia kościoła św. Małgorzaty jest nierozerwalnie połączona z dziejami Nowego Sącza. Dowodem na to jest fakt, że patronka fary została umieszczona w dawnych pieczęciach i obecnym herbie miasta Nowego Sącza. W 2020 r. rozpoczął się remont świątyni, która od średniowiecza na stałe wpisała się w krajobraz Sądecczyzny.
Fara sądecka – średniowieczne początki (część 1)
Najprawdopodobniej w XV wieku wybudowano wieżę północną (dziś wyższą). Trzy pierwsze kondygnacje zbudowane zostały z kamienia łamanego, następne dwie z cegły, zaś narożniki z kamiennych ciosów. W 1810 r. rozebrano dwie górne kondygnacje, co odnotowano w dokumencie, który był przechowywany w gałce hełmu tej wieży. Od początku miała ona służyć za strażnicę miejską. Z jej szczytu hejnaliści odgrywali melodie, także te pobożne, a w razie zagrożenie ostrzegali mieszkańców przed zbliżającym się niebezpieczeństwem. Przy wejściu na wieżę (dzisiejszy chór) można zauważyć w portalu wyryte trąbki i imiona ówczesnych hejnalistów. Pojawiają się tam daty: 1631, 1639 i 1650. Jest to jedno z nielicznych świadectw przeszłości tej wieży. Podobnie jak cały kościół, przechodziła ona liczne przebudowy. Dziś zdobi ją fryz z herbami: Odrowąż, Orzeł, Pogoń i Dębno.
W XVI – XVII wieku powstała barokowa wieża południowa, która przez lata służyła farze jako dzwonnica kościelna. Wiążą się z nią dwie ciekawostki. Pierwsza dotyczy tego, że pierwotna wieża została zbudowana z błędami konstrukcyjnymi przez co trzeba było ją rozebrać. W ten sposób powstała obecna.
Druga ciekawostka dotyczy faktu, że na wieży południowej wisiał drugi największy w Małopolsce dzwon, po krakowskim „Zygmuncie”. Nazywał się „Michał Anioł”, a jego historia jest bardzo przykra – został skonfiskowany przez Austriaków w 1914 r. i przetopiony na kule armatnie. Zapewne dzisiaj gdzieś „w częściach” leży po polach bitewnych Wielkiej Wojny.
Podobnie jak wieża północna, tak również ta przechodziła przebudowy. Dziś można na niej dostrzec poźnogotycki fryz heraldyczny z herbami: biskupim Habdank, Orłem, Pogonią i płaskorzeźbą I.H.S. z datą 1507. Niestety jest to tylko kopia oryginalnego fryzu – podobnie jak umieszczona w tej wieży renesansowa scena pasyjna. Z tego okresu zachował się jednak portal w południowej ścianie wieży z datą i napisem: ANNO 1631 DNI. Warto podnieść głowę, żeby zobaczyć iż wieża jest zakończona ośmioboczną kondygnacją z czterema większymi wnękami. Są w nich przedstawieniami czterej ewangeliści. Ponad nimi znajduje się 28 mniejszych wnęk z motywami roślinnymi. Hełm wykonał cieśla sprowadzony z Węgier. Wieżę wieńczy latarnia umieszczona tutaj w 1811 r.
Dzięki powstaniu Kolegiaty (1448 r.) wzmogła się działalność fundacyjna. Przy świątyni zbudowano kilka nowych kaplic, których patronami byli: św. Mikołaj, św. Jan Jałmużnik i św. Andrzej. Wszystkie one powstały w II połowie XV wieku przy południowej części kościoła (od strony dzisiejszego Domu Gotyckiego). W XVI wieku powstała kaplica św. Jakuba i Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Rozwijało się miasto Nowy Sącz, rozwiał się także kościół.
W tym czasie we wnętrzu Kolegiaty znajdowało się wiele ołtarzy, zaś ściany pokryte były bogatą polichromią. Dzięki Marcinowi Pijanowskiemu do świątyni wprowadzono obraz Matki Boskiej, który w czasie potopu szwedzkiego pocił się krwią (fakt ten potwierdził konsystorz sądecki). Umieszczono go blisko stalli konsulów, w ołtarzu fundowanym w 1676 r. przez Pijanowskiego. Ołtarze fundowały nie tylko rodziny ale też różne bractwa. Okres epidemii i wojen skłaniał ludzi do poszukiwania drogi zbawienia wiecznego poprzez różnego rodzaju fundacje. Także rajcy miejscy łożyli pieniądze na świątynie. Wszystko zaczęło się zmieniać od pożaru w 1611 roku.
XVII w. rozpoczął powolny upadek Rzeczpospolitej, ale też Nowego Sącza. Nie bez znaczenia w tym względzie były liczne klęski elementarne i toczone wojny. W tym czasie kościół chylił się w ruinie, co odnotowali sami członkowie Kapituły.
Liczne katastrofy z wieku XVII niszczyły świątynię. Szczególnie dotkliwe okazały się pożary, które często trawiły sądecki gród (jak ten najtragiczniejszy z 1611 r.). Prawdziwą katastrofą był potop szwedzki. Okupanci splądrowali i obrabowali podziemia i krypty grobowe fary. Ponadto sprzedano miedziane pokrycie dachowe, aby uiścić okupantom kontrybucje. Epidemie, pożary, powodzie które rujnowały Sądecczyznę znajdowały odbicie w działalności Kapituły św. Małgorzaty. Spadły dochody, miasto straciło na znaczeniu, a kościół zaczął podupadać. Mimo to w wyglądzie świątyni ciągle zachodziły niewielkie zmiany.
W XVII wieku pojawiły się w kościele trzy ołtarze manierystyczne – jeden duży, dwa małe. W 1887 r. zostały przerobione tracąc swój pierwotny charakter. Wewnątrz ołtarza znalazły się piękne rzeźby postaci biblijnych oraz Ojców Kościoła. Zwieńczenie głównego ołtarza do dziś stanowi św. Małgorzata. W 1717 r. w ołtarzu głównym umieszczono potężny drewniany krzyż. W tym samum okresie naprawiono dach.
Kres pewnemu etapowi istnienia położyły zabory. XIX i XX wiek przyniosły kolejne ciekawe wydarzenia w dziejach fary.
