Historia kościoła św. Małgorzaty jest nierozerwalnie połączona z dziejami miasta Nowego Sącza. Dowodem na to jest fakt, że patronka fary została umieszczona w dawnych pieczęciach i obecnym herbie miasta Nowego Sącza. W 2020 r. rozpoczyna się remont świątyni, która od średniowiecza na stałe wpisała się w krajobraz Sądecczyzny.
Początki kościoła sięgają średniowiecza i założenia miasta Nowego Sącza. Trzeba jednak pamiętać, że najstarszy kościół na tym terenie nosił wezwanie świętego Wojciecha. Mieścił się jednak poza murami miejskimi, w centrum dawnej wsi Kamienica. W związku z tym, w Nowym Sączu zaczęła powstawać świątynia godna nowo założonego grodu.
Od początku istnienia kościół był budową murowaną – najpierw w stylu romańskim, następnie w gotyckim. Przez wieki świątynia rozrastał się o kolejne nawy i fundowane przez dobroczyńców kaplice: Wszystkich Świętych, Najświętszej Marii Panny, Trójcy Świętej (południowo zachodnia część kościoła) i św. Anny. Wszystkie kaplice wybudowano w XV wieku. Niestety, w związku z licznymi remontami i przebudowami, nie zachowały się one do naszych czasów. Wiele z nich miało swoich donatorów, opiekunów, dzięki czemu w mieście rozwijało się życie religijne. Co ciekawe, pierwotna świątynia była budowlą dwunawową, przypominała halę rozdzieloną trzema filarami postawionymi na jej środku. Prezbiterium kościoła było prawdopodobnie zamknięte ścianą prostą i było dużo krótsze od obecnego.
Być może w XIV wieku doszło do gruntownej przebudowy świątyni, która włączyła ją do kręgu stylu gotyckiego. Wówczas przedłużono prezbiterium i zamknięto je trójboczną ścianą. Pojawiły się zapewne inne detale świadczące o unowocześnieniu kościoła farnego. Po bitwie grunwaldzkiej z 1410 r. do świątyni trafiły figurki Matki Bożej z 12 apostołami, które dziś wiszą na ścianie prezbiterium. Miały być wotum wdzięczności za zwycięstwo nad Krzyżakami. Z tego samego okresu (XV w.) pochodzi portal pod rzeźbami i kute drzwi.
Warto zaznaczyć, że wokół kościoła cały czas istniał cmentarz, który swoją działalności zakończył dopiero pod koniec XVIII wieku. Obok świątyni ulokowano także szpital. Został on ufundowany w XV wieku przez trzech prałatów. Zgodnie z ówczesnymi standardami szpitale był bardziej zbliżony działalnością do domu spokojnej starości niż do poważnej lecznicy.
Przełomowym momentem dla świątyni było erygowanie przy niej w 1448 r. Kapituły Kolegiackiej, przez kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Instytucja, która z przerwą istnieje do dziś, podnosiła znaczenie nie tylko kościoła i parafii, ale również całego Nowego Sącza. Jak się okazało, decyzja stworzeniu tej instytucji znalazła odzwierciedlenie w kolejnych przemianach architektonicznych.
Kapituła składała się z czterech prałatów (prepozyt, dziekan, archidiakon i kustosz) i ośmiu wikariuszy. Ważną postacią pośród wyżej wymienionych był archidiakon, który zarządzał archidiakonatem – prestiżową i dużą jednostką administracyjną w kościele. W początkowych założeniach kolegiata miała bronić okoliczną ludność przez zalewem prawosławia, ale tak naprawdę odegrała ważną rolę w okresie reformacji i kontrreformacji, zwalczając wpływy arianizmu i kalwinizmu, które pojawiły się na Sądecczyźnie. Patronką Kolegiaty, podobnie jak całej parafii została św. Małgorzata. W jej święto, przypadające w lipcu, zbierali się członkowie kapituły.
Wraz z powstaniem kapituły wybudowano kapitularz, gdzie zbierali się członkowie tego gremium. Znalazł on miejsce nad zakrystią, po północnej stronie świątyni. Po 1448 r. postawiono także przebudować zachodnią fasadę, stąd zapewne pojawił się pomysł budowy wieży.
Członkowie Kapituły byli wybitnymi ludźmi ówczesnych czasów. Dowodzi tego fakt, że wielu z nich pracowało na dworze królewskim. Sekretarzami królewskimi było ośmiu członków Kapituły. Jan Gałczyński w 1587 r. jako referendarz koronny podpisał akt wyboru Zygmunta III na króla Polski. Jan Januszowski był pisarzem pokojowym Zygmunta Augusta, a od 1576 r. sekretarzem Stefana Batorego. Po śmierci żony i dzieci wstąpił do stanu duchownego a od 1604 r. był archidiakonem sądeckim. Zasłynął także jako autor książek. Kustosz sądecki Grzegorz Pakosławski był prefektem kuchni królewskiej Zygmunta Starego. Chyba się sprawdził, bo jego pensja w jednym roku wzrosła z 20 grzywien do 100!
W Kapitule zasiadali profesorowie Uniwersytetu Krakowskiego. Pośród nich było dziewięciu rektorów uczelni i 10 dziekanów różnych wydziałów. Dziekan sądecki Stanisław Biel (1457-1541) był 10 razy obierany rektorem uczelni. Podobnie pierwszy dziekan Kapituły Jan z Dąbrówki (1400 -1472), który reprezentował Kazimierza Wielkiego w sporach z Krzyżakami. Siedmiu członków Kapituły zostało biskupami, a archidiakon Adam Komorowski dostąpił zaszczytu bycia Prymasem Polski. Pośród duchownych niestety zdarzali się tacy, którzy bardziej zajmowali się swoim dobrem niż kościoła. Na całe szczęście przeważająca liczba księży dobrze zapisała się w dziejach miasta.
Przez niemal kolejne 3 wieki kapituła kolegiacka miała decydujący wpływ na życie religijne Sądecczyzny. Jej działalność dotyczyła także innych sfer życia jak edukacji, kultury, czy architektury. XVI wiek był ostatnim dobrym stuleciem w dziejach miasta. Wraz z końcem dynastii Jagiellonów zaczęło podupadać miasto, a za nim świątynia farna.
