Historia kościoła św. Małgorzaty jest nierozerwalnie połączona z dziejami miasta Nowego Sącza. Przeczytajcie trzecią część losów tej niezwykle ważnej dla miasta świątyni. Wcześniejsze odcinki:
W 1782 r. Austriacy znieśli archidiakonat sądecki. 14 lipca 1791 r. odbyło się ostatnie zebranie Kapituły Kolegiackiej, która została skasowana przez zaborcę. Od tej pory zamiast prepozyta kościołem farnym rządzili proboszczowie a dawna kolegiata stała się tylko kościołem parafialnym. Z racji, że zlikwidowano także klasztor franciszkanów, toteż cudowny obraz Przemienienia Pańskiego został w uroczystej procesji przeniesiony do ołtarza bocznego fary. Kościół stał się prowincjonalną świątynią, choć w latach 20. XIX wieku były spore szanse, aby stał się katedrą. Niestety w Nowym Sączu nie utworzono wówczas diecezji.
W latach 1807 – 1822, za probostwa ks. Bartłomieja Janczego, przeprowadzono generalny remont w świątyni. Zaszły spore zmiany: zlikwidowano sklepienia, obniżono nawę główną i prezbiterium, zlikwidowano kaplice Nawiedzenia i Wniebowzięcia NMP, zaś mury dzielące pozostałe kaplice wyburzono tworząc dwie nawy boczne. Wyrównano także poziom wież. W ten sposób świątynia utraciła swój gotycki charakter.
Jan Sygański tak opisywał te zmiany: Wchodzącego do kościoła uderza przede wszystkiem niepospolita jego obszerność. Dawniej był on gotycko sklepiony, z wysokim dachem, krytym dachówką; dopiero na początku XIX. stulecia, gdy się tu i owdzie sklepienie zarysowało. Rząd austryacki troskliwy o publiczne bezpieczeństwo, kazał je rozebrać i prostym zastąpić sufitem. Zniszczono i usunięto kosztownej roboty marmurowe balasy, stojące prze wielkim ołtarzem, popsuto piękne gotyckie okna prezbyteryum i głównej nawy. Przekształcono też do niepoznania sam front kościoła, fryz zaś jego gotycki z rokiem 1507 przeniesiono stąd i wmurowano na froncie mniejszej wieży u dołu. Nie przepuszczono i wieżom; z próżnej obawy, aby się nie zawaliły, zniżono je o trzecią część, co spojrzawszy na ich nieproporcyonalną szerokość do wysokości, wyraźnie od razu poznać można. Z dawnych ołtarzy pozostał tylko wielki ołtarz z wizerunkiem Ukrzyżowanego, na trzy wysokie piętra podzielony.
W 1848 roku ponownie wyremontowano i odmalowano kościół.
Ks. Janczy był proboszczem do połowy XIX w. będąc rekordzistą jeżeli chodzi o czas sprawowania swojej funkcji (51 lat!). Miał inne problemy niż stan kościoła jako budowli. Gorzej wyglądał stan religijny Sądeczan. Biskup Franciszek Pisztek, który wizytował sądecką parafię w 1832 i 1834 r., zapisał kilka przykrych słów o mieszczanach sądeckich:
Większość parafian jest gorliwa i według wiary żyjąca, ale są liczni, którzy żyją luźno, czasem gorszą, zwłaszcza przez pijaństwo. Tak matki, jak i ojcowie chodzą po zabawach, granych przez całe noce (…) Są też konkubinaty, tak wśród urzędników, jak i innych (…) Niektórzy są przewrotni, że nie uczęszczają do spowiedzi wielkanocnej.
Janczego zastąpił na stanowisku czeski ksiądz Jan Machaczek, który słynął z humoru i dobrego żartu, ale początkowo także z niezbyt dobrego gospodarzenia. Za czasów jego rządów (1853-1882) Austriacy grozili nawet zamknięciem świątyni. Wymuszone inwestycje były drobiazgami. Po awarii starych organów, do 1875 r. nie było w kościele żadnego instrumentu. W 1862 r. usunięto stary sufit w prezbiterium (po 52 latach!) i zamontowano nowy. W 1879 r. pokryto blachą wieżę i sygnaturkę. W prezbiterium zamontowano dębowe stalle i ławki.
Sytuacja zaczęła się poprawiać w czasie proboszczowania ks. Wojciecha Kowalika. Po objęciu urzędu w 1883 r. zaczął zbierać pieniądze na remont. Od 1887 r. wymieniano sufit świątyni, a od 1885 r. posadzkę na kamienne płyty. Odnowiono także ołtarz główny. Niestety ks. Kowalik zmarł przedwcześnie w 1887 r.
Kolejne poważne remonty dawnej kolegiaty odbyły się w latach 1890 – 1899 z inspiracji kolejnego proboszcza ks. infułata Alojzego Góralika. Świątynie pokryto wtedy blachą, ponadto odnowiono główny ołtarz i wstawiono do niego nowe tabernakulum z czarnego marmuru (przywiezione z kościoła Wszystkich Świętych w Krakowie). Zmiany zaszły też w wyglądzie dwóch bocznych ołtarzy – poświęcono je Przemienieniu Pańskiemu i Świętej Trójcy. Zaczęto też ratować to, co z gotyckiego charakteru budowli można było jeszcze zachować. Przywrócono pięć okien ostrołukowych w prezbiterium zaś ściany świątyni pokryto polichromiami. W 1895 r. Infułat ponownie wymieniał posadzkę w kościele, tym razem na wykonaną z płyt cementowych.
W 1918 r. kościół ciągle zajmował najważniejszą pozycję w mieście. Jego autorytet umacniali duchowni, którzy zapisywali się złotymi literami w dziejach Nowego Sącza. Ostatni proboszcz z czasów zaborów – ks. Alojzy Góralik – doczekał się nawet zaszczytnego tytułu Honorowego Obywatela Miasta Nowego Sącza. Zmarł 95 lat temu, 4 stycznia 1926 r.
Łukasz Połomski
