
Przez wieki sądeccy mieszczanie byli chowani wokół kościołów. Ci, którzy byli zamożni i wpływowi wykupywali sobie miejsca w katakumbach. Niestety dziś już ich nie zobaczymy, a jedna z najciekawszych historii dotyczy grobowców w sądeckiej farze.
Najważniejsze wydarzenia związane z katakumbami fary pochodzą z okresu potopu szwedzkiego (1655 r.). Bohaterem tej smutnej i przerażającej opowieści jest szlachcic, Florian Siemichowski. W czasach, kiedy na Sądecczyźnie zapanowała moda na arianizm, przeszedł on na nową religię. W 1652 r. przyjął chrzest, a mimo to, po wkroczeniu Szwedów do Sącza, na powrót przystał do religii protestanckiej oraz złożył przysięgę poddaństwa królowi szwedzkiemu Karolowi Gustawowi.
Ludzie spodziewali się rabunków ze strony okupanta. Miejscem nieosiągalnym dla Szwedów – jak się wydawało – były krypty kościoła św. Małgorzaty. Zofia Stanowa, wdowa po staroście spakowała swoje kosztowności i przekazała kustoszowi kolegiaty ks. Janowi Witaliszowskiemu. Znalazła się tam biżuteria, sprzęty a nawet kosztowne tkaniny. Podobnie uczynił inny mieszczanin, Boczkowski. Pod osłoną nocy, dzięki pomocy dzwonnika Marcina Nikburowicza, trafiły one do krypt fary.
Mimo wielkiej tajemnicy, Siemichowski zorientował się co jest grane. Dowiedział się, że była otwierana krypta pod kaplicą św. Jakuba. Działo się to 6 grudnia 1655 r., czyli na kilka dni przed wygnaniem Szwedów z miasta. Kiedy okupanci dowiedzieli się o skarbach, major Liktyn z żołnierzami i z Siemichowskim wdarli się do krypt kościelnych.
Siemichowski wraz z pachołkami szwedzkimi podniósł ciężki głaz, wejście do grobu pokrywający; poczem zdjął z ołtarza świecę woskową, zapalił w lampie i wszedł do grobu najprzód sam, za nim pachołki, a w końcu kazano i dzwonnikowi iść – opisywał Sygański.
Na sam początek weszli do katakumb pod kaplicą św. Jakuba. Rozglądali się za trumnami szukając złożonych skrzyń ze skarbem. Znaleźli worek ze srebrami, które należały do duchowieństwa. Co zaskakujące, po sporze i udowodnieniu własności, zwrócili je księżom. Grabarz Trela został zmuszony do otwierania kolejnych grobowców. Krypta pod ołtarzem Marii Panny wydawała się być świeżo co „używana”. Znajdowały się w niej złożone trumny zamożnych mieszczan, m.in. kupca Wawrzyńca Sławińskiego, dwóch żon aptekarza Szymona Wolskiego i Popkównej (córki szafarza miejskiego). Zaraz w pierwszą z rzędu uderzył Siemichowski nogą: zagrzmiała głośno, więc dał spokój – kolejne, które nie wydawały odgłosu były otwierane. Zachowanie Siemichowskiego budziło odrazę. Uderzał w trumny, a następnie je kopał. Mimo to skarbów nie znalazł. Większość mimo to otwierał. Jak powiadano, nieboszczykom ściągał kosztowności z palców, a jednemu nawet odciął kończynę, bo nie mógł zdjąć pierścienia.

Grubarz, nie mogąc patrzeć na takie świętokradztwo, zaczął wygadywać, więc starszyzna szwedzka zniecierpliwiona, kazała mu wyjść. O zamieszaniu w podziemiach dowiedzieli się księża, którzy napominali rabusiów.
Następnie wyrodny Sądeczanin wdarł się do grobu księży, który znajdował się pod głównym ołtarzem. Kopnął więc znowu nogą w trumnę, odgrzmiała pustką, zaczem rozgniewany oderwał blaszki napisowe z wierzchu dwóch trumien, oglądał je, a widząc, że cynkowe, wyrzucił na wierzch – relacjonował Sygański. Otwierał trumny i niszczył epitafia (m.in. zasłużonego Bartłomieja Fuzyoryusza). Wszystko obserwowali świadkowie tej makabrycznej kradzieży: radny Wawrzyniec Szydłowski, dzwonnik Nikburowicz, grabarz Sebastyan Rozborowicz, mieszczanin i Mateusz Treliński. Wówczas wikarzy podnieśli larum i zdenerwowany major szwedzki nakazał Siemichowskiemu zaprzestać tej makabrycznej kradzieży. Wieść o tym co się wydarzyło tej nocy obiegła miasto lotem błyskawicy.
W całym tym zamieszaniu skarby Stanowej oraz Boczkowskiego zostały nietknięte. Żona dowódcy szwedzkiego – Steina – obawiała się jednak o swoje zrabowane skarby, o które mogła się pokusić okoliczna ludność. Była to biżuteria i sprzęt liturgiczny. Przywołała wiec rajców i kazała zabezpieczyć kosztowności również w kolegiacie. Ponownie za operację ukrycia odpowiadał dzwonnik i grabarz.
13 grudnia 1655 r. wypędzono Szwedów z miasta. Panowie rajcy, podziękowawszy P. Bogu za ocalenie wiernego miasta i załatwiwszy jeszcze inne najpilniejsze gospodarcze sprawy, zwrócili całą uwagę swoją na zbrodnię Siemichowskiego, pochwyconego w czasie porażki szwedzkiej – pisał Sygański. Sprawa trafiła sądu wójtowskiego. Wydawało się, że nadchodzące Boże Narodzenie odwlecze sprawę. Mimo to sąd pracował sprawnie. Oprócz rabunków w kryptach, oskarżono Siemichowskiego o inne kradzieże. Przesłuchano stosownych świadków, także tych, którzy z nocy z 6 na 7 grudnia widzieli rabunki w kryptach. Oskarżony milczał. A gdy nie chciał nic wyjaśnić, więc stosownie do kodeksu prawa magdeburskiego oddano go oprawcy do męczarni. Począł go męczyć, lecz nic nie wyjawił. 22 grudnia 1655 r. wydano wyrok skazujący, na szlachcica, który przeciw Boskim i ludzkim prawom wystąpił. Zapisano, ze zasłużył na wielkie kary za wszystkie swoje zbrodnie, ale sąd zadowoli się ucięciem głowy na środku rynku. Miał zostać pogrzebany za murami miasta, w miejscu pochówku Szwedów.
Historia zwyrodniałego szlachcica Siemichowskiego została zapomniana. Jego ciało spoczywa pewnie gdzieś pod kapliczką szwedzką. Co się działo z kryptami sądeckiej fary? Kiedy przestały istnieć? Wydaje się, że ich istnienie pogrzebały definitywnie prace podczas remontu kościoła w II połowie XX w., kiedy prowadzono ogrzewanie. Ostatnie badania związane z remontem świątyni farnej pokazały, że krypty istnieją. Być może uda się uchylić rąbka tajemnicy i ponownie zajrzeć do tej podziemnej historii Nowego Sącza.